Kể từ khi được đưa vào hoạt động đến nay, nhà máy lọc dầu Dung Quất đã phải nhiều lần đóng cửa để sửa chữa, bảo trì. Ngay từ tháng 7 năm 2011 (tức chỉ 6 tháng sau khi chính thức khánh thành) nhà máy đã phải đóng cửa 2 tháng để sửa chữa.[15] Đến cuối tháng 5 năm 2012, nhà máy lại đóng cửa gần 2 tháng để xử lý các vấn đề kỹ thuật.[16] Ngày 8 tháng 7 năm 2012 nhà máy hoạt động trở lại, nhưng chỉ 1 tháng sau, đến ngày 8 tháng 8 năm 2012 nhà máy lại phải đóng cửa để sửa chữa.[16] Từ ngày 19 tháng 5 đến ngày 11 tháng 7 năm 2014 nhà mày ngưng hoạt động để bảo dưỡng.[17]